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G-LCR

La GAP LCR è una variante della LCR per rilevare la presenza di specifiche sequenze di DNA in una miscela. Si denatura il DNA, si va a fare libridazione di un pezzo di DNA con dei probe,sonde costituite da DNA complementare alla sequenza da identificare, si usa la DNA polimerasi per completare la sequenza e poi si inserisce la ligasi per unire i probe. Viene utilizzata quando i probe sono molto lunghi o per amplificare sequenze di DNA ristrette.

                                               

Mispairing PCR

La mispairing PCR è un procedimento per la replicazione di parti del DNA che consente la rilevazione della presenza di determinati geni. In dettaglio consente, insieme ad altre applicazioni, di creare siti di restrizione per particolari enzimi, laddove non fossero presenti naturalmente, con luso di primers oligonucleotidi contenenti una o più basi non complementari mispair alla reale sequenza da amplificare. La condizione necessaria per lappaiamento fra il primer e il frammento di DNA che si vuole replicare è che, oltre alla serie di basi allestremità 5 a monte delle basi che non si appaia ...

                                               

Multiplex PCR

La reazione a catena della polimerasi Multiplex è una modifica della normale PCR per individuare rapidamente delezioni o duplicazioni in un grande gene. Questo processo amplifica i campioni di DNA genomico utilizzando più primer e una DNA polimerasi con efficienza direttamente collegata alla temperatura all interno di un termociclatore. La PCR Multiplex è stata descritta nel 1988 come metodo per rilevare alcune delezioni nel gene distrofina. È stato anche utilizzato con il gene della solfatasi steroidea. Nel 2008, La PCR-multiplex è stata utilizzata per lanalisi dei microsatelliti e SNPs. ...

                                               

PCR asimmetrica

La PCR asimmetrica è una variante della PCR usata per amplificare preferenzialmente una parte delloriginale DNA rispetto allaltro. La tecnica trova applicazioni in alcuni tipi di sequenziamento e sondaggio di ibridazione dove è richiesto solo uno dei due strand complementari.

                                               

Real time PCR

La PCR real-time è un metodo che simultaneamente amplifica e quantifica il DNA. Il DNA è amplificato da reazioni a catena della DNA-polimerasi. Dopo ogni turno di amplificazione, il DNA è quantificato. I metodi comuni di quantificazione includono luso delle colorazioni fluorescenti che intercalano con il DNA doppio-filamento ds e gli oligonucleotidi modificati del DNA denominati sonde che sono fluorescenti una volta ibridati con un DNA. Spesso la PCR real-time è combinata con la PCR Retro Trascrizionale RT-PCR per quantificare i livelli di espressione di specifici RNA: la retro-trascrizion ...

                                               

Reazione a catena della ligasi

La reazione a catena della ligasi è una variante della reazione a catena della polimerasi. È una metodica che permette lamplificazione di materiale genetico sfruttando un processo ciclico che viene ripetuto più volte. A differenza della PCR, però, viene sfruttata lazione di una ligasi termostabile e la presenza di quattro oligonucleotidi in grado di appaiarsi, a due a due, a specifiche sequenze della molecola di DNA. Nella soluzione in cui si trova il materiale genetico si aggiunge la ligasi, gli oligonucleotidi, dessossiribonucleotidi trifosfati ed una DNA-polimerasi anchessa termostabile ...

                                               

Reazione a catena della polimerasi

La reazione a catena della polimerasi, comunemente nota con la sigla PCR, è una tecnica di biologia molecolare che consente la moltiplicazione di frammenti di acidi nucleici dei quali si conoscono le sequenze nucleotidiche iniziali e terminali. Lamplificazione mediante PCR consente di ottenere in vitro molto rapidamente la quantità di materiale genetico necessaria per le successive applicazioni. Tale metodica fu ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il Premio Nobel per la chimica 1993.

                                               

Reverse transcriptase-polymerase chain reaction

La tecnica della Reverse transcriptase-polymerase chain reaction o, in lingua italiana, reazione a catena della polimerasi inversa è una variante della tecnica della reazione a catena della polimerasi. Questa tecnica consiste nella sintesi di una molecola di DNA a doppio filamento a partire da uno stampo di RNA. La molecola di DNA sintetizzata mediante il processo di retrotrascrizione è definita cDNA. Mediante limpiego della RT-PCR è possibile convertire in DNA un intero trascrittoma di uno specifico tessuto di un individuo in una specifica fase del suo sviluppo. Per tale motivo, la RT-PCR ...

                                               

TaqMan

TaqMan è il nome di una serie di sonde utilizzate per aumentare la specificità della real time PCR. Il metodo, descritto per la prima volta nel 1991, si basa sullutilizzo di un oligonucleotide marcato con un fluoroforo a una estremità mentre nellaltra estremità è presente un quencher. Sfruttando lattività 5→3 esonucleasica della Taq polimerasi, dopo la normale fase di annealing della PCR, lenzima esplica la propria attività esonucleasica scindendo il fluoroforo dal resto della molecola durante libridazione. Pertanto, ad ogni ciclo, dopo irradiazione del campione viene emessa una fluorescen ...

                                               

Touchdown PCR

La touchdown PCR è una tecnica in grado di aumentare la specificità di una reazione di PCR. La maggior parte dei termociclatori può essere programmata per effettuare cicli in cui la temperatura di appaiamento venga abbassata progressivamente durante le varie fasi della PCR, da un iniziale valore superiore alla T m attesa fino ad un valore inferiore alla T m. Mantenendo inizialmente molto alta la stringenza dellibridazione, si scoraggia la formazione di aspecifici, consentendo alla sequenza desiderata di predominare.